Het Czaar Peterhuisje is één van de oudste houten huisjes van Nederland en bevat een schat aan herinneringen. Tsaar Peter verbleef er zeven dagen en sliep in de bedstee. Sinds 2003 maakt ook de collectie van het Czaar Peterhuisje deel uit van het Zaans Museum.

Sinds 2018 maakt de Hembrugcollectie deel uit van het Zaans Museum, deze collectie toont de bijzondere geschiedenis van Hembrug als het militaire logistieke hart van de Stelling van Amsterdam. Een deel van deze collectie is te zien in de presentatie van het Hembrug Museum.

Sommige objecten hebben schade die alleen verholpen kan worden door een restaurator. Een schilderij kan bijvoorbeeld bedoekt worden, dan wordt een extra doek aangebracht achter het originele doek als deze te zwak is. Ook is soms een nieuwe vernislaag nodig. Historische kleding worden schoongemaakt en gaten worden gemaakt. Bij meubels wordt bijvoorbeeld de constructie en het hang- en sluitwerk hersteld.

De collectie van het Zaans Museum bestaat uit circa 35.000 objecten. Bij goed collectiemanagement worden objecten verzameld, maar ook ontzameld. Ontzamelen is het afstoten van objecten uit de collectie. De conservatoren waarderen alle objecten om te kijken welke niet meer in het collectieprofiel passen. Bijvoorbeeld omdat ze niet bij de Zaanstreek horen of omdat we voldoende vergelijkbare exemplaren hebben. Deze waardering van de objecten gebeurt zeer zorgvuldig. Het gaat hierbij om de museale waarde, niet om de financiële waarde. Belangrijke objecten worden nooit afgestoten.​

De objecten die niet meer in het collectieprofiel passen worden ontzameld via de Leidraad Afstoting Museale Objecten. We proberen het object te herplaatsen bij een andere culturele instelling. Als andere organisaties geen interesse hebben in het object, kan deze worden verkocht waarbij de opbrengst ten goede komt aan de collectie. Is er helemaal geen belangstelling voor een object, dan worden de materialen gerecycled.​